Das Martin-Behaim-Gymnasium ist auch eine Ausbildungsstätte für junge Lehrkräfte: Zu Schulbeginn im September treten im Durchschnitt 20 Studienreferendare ihren Dienst an, um nach zwei Jahren ihre Ausbildung mit dem Zweiten Staatsexamen abzuschließen. Derzeit gibt es am Martin-Behaim-Gymnasium acht Fachseminare (in Klammern die Seminarlehrkräfte):

• Mathematik (Dr. Martina Finzel-Hoffmann)
• Physik (Wolfgang Dremel)
• Englisch (Monika Reitinger)
• Französisch (Barbara Wetzel)
• Deutsch (Sabine Horst)
• Geschichte (David Denninger)
• Sozialkunde (Christoph Wagner)
• Wirtschaftswissenschaften (Ingo Schedel)

Die Teilnehmer des Studienseminars werden außerdem in vier allgemeinen Fächern ausgebildet (in Klammern die Seminarlehrkräfte):

• Schulkunde (Dr. Gabriele Kuen)
• Grundfragen staatsbürgerlicher Bildung (Christoph Wagner)
• Pädagogik (Christoph Holzwarth)
• Psychologie (Marcus Böhm)

Die Ausbildung erfolgt in mehreren Phasen:

1. Ausbildungsabschnitt
Nach einer Reihe von Lehrversuchen in verschiedenen Jahrgangsstufen übernehmen die Studienreferendare in der Woche nach den Herbstferien in jedem ihrer Fächer mindestens eine Klasse bzw. einen Oberstufenkurs. In dieser Phase des zusammenhängenden Unterrichts, die bis zum Ende des ersten Halbjahres dauert, werden sie intensiv von Stammlehrkräften betreut, die weiterhin die volle Verantwortung für die Notengebung und für pädagogische Maßnahmen tragen. Am Ende dieser Ausbildungsphase legen die Studienreferendare ihre erste Prüfungslehrprobe ab.

2. Ausbildungsabschnitt
Nach den Zwischenzeugnissen verlassen die Seminarteilnehmer ihre Stammschule und setzen ihre Ausbildung an den Einsatzschulen fort, wo sie mehrere Klassen bzw. Kurse im eigenverantwortlichen Unterricht übernehmen. Auch in diesem Abschnitt des Referendariats werden die Seminarteilnehmer von erfahrenen Stammlehrkräften betreut und in fachlichen und pädagogischen Fragen beraten. In dieser Phase der Ausbildung, die ein Jahr dauert, kommen die Studienreferendare in regelmäßigen Abständen an ihre Stammschule zurück, um dort über ihre unterrichtliche Tätigkeit zu berichten. Während des zweiten Ausbildungsabschnitts legen die Studienreferendare ihre nächste Prüfungslehrprobe ab. Das Martin-Behaim-Gymnasium ist auch eine Einsatzschule für Referendare anderer Studienseminare, so dass manche Klassen in Fächern unterrichtet werden, in denen an unserer Schule nicht ausgebildet wird, z. B. in Biologie oder Chemie.

3. Ausbildungsabschnitt
Nach dem Einsatzschuljahr, in dem sie viel Unterrichtserfahrung sammeln konnten, kehren die Studienreferendare an ihre Stammschule zurück und übernehmen in jedem ihrer Fächer ein bis zwei Klassen bzw. Kurse. Sie geben überwiegend eigenverantwortlichen Unterricht, werden aber auch in dieser Phase der Ausbildung von Betreuungslehrkräften unterstützt. Im letzten Ausbildungsabschnitt legen die Studienreferendare nicht nur ihre dritte Prüfungslehrprobe ab, sondern im Juni auch das Zweite Staatsexamen, das aus einer Reihe von mündlichen Prüfungen besteht. Nach dem Examen unterrichten die Lehramtsassessoren ihre Klassen und Kurse weiter bis zum Schuljahresende.